Ложная мучнистая роса винограда (милдью) — Plasmopara viticola
Метагеномная диагностика милдью винограда с мониторингом устойчивости к QoI- и CAA-фунгицидам
🧬 Описание пейплайна
Plasmopara viticola — оомицет, облигатный биотроф и возбудитель ложной мучнистой росы винограда (милдью) — главного заболевания виноградарства умеренного климата. Патоген был завезён в Европу из Северной Америки в 1878 году; борьба с милдью привела к изобретению бордоской смеси — первого фунгицида в истории. Как облигатный паразит, P. viticola не культивируется на искусственных средах, поэтому молекулярная диагностика — основной инструмент его изучения и мониторинга.
Наш пайплайн выполняет метагеномное нанопоровое секвенирование (mNGS) листьев с маслянистыми пятнами. За несколько часов агроном получает подтверждение возбудителя и профиль устойчивости к фунгицидам: устойчивость к стробилуринам (QoI) массово распространена в европейских популяциях, а устойчивость к CAA-фунгицидам формируется с 2007 года — без молекулярного мониторинга схема защиты виноградника быстро теряет эффективность.
- 📥 На входе: Сырые данные в формате
FASTQпосле High Accuracy basecalling (Dorado SUP, химия R10.4.1). Материал: гомогенат листа винограда с маслянистыми пятнами. - 📤 На выходе: HTML-отчёт для агронома — выявленный патоген, количественная представленность, профиль резистентности к фунгицидам и рекомендации по обработке.
📊 Доступность продукта
| Платформа | Статус доступности |
|---|---|
| OnSiteSeq Cockpit Edge | 🟡 В разработке |
| OnSiteSeq Cockpit Desktop | 🟡 В разработке |
| OnSiteSeq Cockpit Cloud | 🔴 Не доступно |
🎯 Маркеры устойчивости к фунгицидам
| Ген | Мутации | Фунгицид (класс) |
|---|---|---|
| Cytb (цитохром b) | G143A | Стробилурины / QoI (азоксистробин) |
| PvCesA3 (целлюлозосинтаза) | G1105S, G1105V | CAA-фунгициды (мандипропамид, диметоморф) |
| — (полигенная устойчивость) | Полиморфизмы популяции | Металаксил (фениламиды) |
🌍 Глобальный контекст
- 1878 год — милдью завезён в Европу из Северной Америки и за несколько десятилетий стал главной угрозой европейского виноградарства.
- Бордоская смесь — борьба с милдью привела к созданию первого фунгицида в истории сельского хозяйства.
- QoI-резистентность — мутация G143A массово распространена в европейских популяциях; стробилурины без контроля резистентности неэффективны.
- CAA-резистентность — мутации в PvCesA3 впервые выявлены около 2007 года и с тех пор отслеживаются FRAC как приоритетный маркер.