Корневая и стеблевая гниль сои — Phytophthora sojae

Метагеномная диагностика фитофтороза сои с определением патотипа и профилем устойчивости к фунгицидам

🧬 Описание пейплайна

Phytophthora sojae — оомицет, возбудитель корневой и стеблевой гнили сои. Популяции патогена характеризуются выраженной расовой структурой: патотипы различаются по способности преодолевать гены устойчивости Rps у сои, поэтому состав расы напрямую определяет, какие сорта будут поражены. Ооспоры сохраняются в почве годами, делая заражённые поля источником инфекции на долгий срок.

Наш пайплайн выполняет метагеномное нанопоровое секвенирование (mNGS) корневой ткани и почвенного смыва. За несколько часов агроном получает подтверждение вида возбудителя, оценку его представленности в образце и профиль устойчивости к фунгицидам — для выбора эффективной обработки семян и защиты всходов.

• 📥 На входе: Сырые данные в формате FASTQ после High Accuracy basecalling (Dorado SUP, химия R10.4.1). Материал: гомогенат корней и нижней части стебля сои, почвенный смыв.
• 📤 На выходе: HTML-отчёт для агронома — выявленный патоген, количественная представленность, профиль резистентности к фунгицидам и рекомендации по обработке.

📊 Доступность продукта

🎯 Маркеры устойчивости к фунгицидам

🌍 Глобальный контекст

• Экономика — мировые потери урожая сои от P. sojae оцениваются в $1–2 млрд ежегодно.
• Расовая эволюция — широкое использование ограниченного набора Rps-генов в селекции привело к быстрому накоплению патотипов, преодолевающих устойчивость сортов.
• Россия — расширение посевов сои в Приамурье и на Дальнем Востоке повышает актуальность мониторинга фитофтороза сои.
• Диагностика — метагеномика позволяет одновременно идентифицировать патоген и оценить расовый состав популяции без многонедельного культивирования.

🔬 Связанные источники

• 📄 FRAC — Комитет по резистентности к фунгицидам
• 📄 PHI-base — база взаимодействий патоген-хозяин
• 📄 UNITE — база данных ITS-баркодирования грибов и оомицетов
• 📄 NCBI Taxonomy — Phytophthora sojae