Фитофтороз (поздний ожог) — Phytophthora infestans
Метагеномная диагностика фитофтороза картофеля и томата с профилем устойчивости к фунгицидам — за часы, прямо в поле
🧬 Описание пейплайна
Phytophthora infestans — оомицет (не настоящий гриб), возбудитель фитофтороза — самого разрушительного заболевания картофеля и томата в мире. Патоген существует в виде двух типов спаривания (A1 и A2); их совместное присутствие в популяции позволяет формировать устойчивые ооспоры и ускоряет эволюцию резистентности. В дождливые сезоны фитофтороз поражает до 50% посевов картофеля в России.
Наш пайплайн выполняет метагеномное нанопоровое секвенирование (mNGS) поражённой ткани прямо на месте посева. За несколько часов агроном получает подтверждение вида возбудителя и — критично для защиты урожая — профиль устойчивости к фунгицидам: устойчивость к металаксилу/мефеноксаму у популяций P. infestans широко распространена в РФ, и обработка неэффективным препаратом равнозначна потере урожая.
- 📥 На входе: Сырые данные в формате
FASTQпосле High Accuracy basecalling (Dorado SUP, химия R10.4.1). Материал: гомогенат листа/клубня картофеля, лист и плоды томата. - 📤 На выходе: HTML-отчёт для агронома — выявленный патоген, количественная представленность, профиль резистентности к фунгицидам и рекомендации по обработке.
📊 Доступность продукта
| Платформа | Статус доступности |
|---|---|
| OnSiteSeq Cockpit Edge | 🟡 В разработке |
| OnSiteSeq Cockpit Desktop | 🟡 В разработке |
| OnSiteSeq Cockpit Cloud | 🔴 Не доступно |
🎯 Маркеры устойчивости к фунгицидам
| Ген | Мутации | Фунгицид (класс) |
|---|---|---|
| CesA3 (целлюлозосинтаза) | G1105S, G1105V | Мандипропамид, диметоморф (CAA-фунгициды) |
| RPA70 | V799A | CAA-фунгициды |
| — (полигенная устойчивость) | Полиморфизмы популяции | Металаксил / Мефеноксам (фениламиды) |
| Cytb (цитохром b) | G143A, F129L | Стробилурины / QoI (азоксистробин, крезоксим-метил) |
🌍 Глобальный контекст
- Ирландский голод (1845–1852) — P. infestans уничтожил практически весь урожай картофеля в Ирландии, унеся более 1 млн жизней.
- Экономика — мировые потери урожая от фитофтороза оцениваются в $6–7 млрд ежегодно.
- Металаксил-резистентность — устойчивые популяции зафиксированы во всех картофелепроизводящих регионах России.
- EUROBLIGHT — европейская сеть мониторинга популяций P. infestans, отслеживающая распространение новых клональных линий и резистентных генотипов.