OnSiteSeq Cockpit
Веб-приложение для управления Snakemake-пайплайнами
📋 Описание
OnSiteSeq Cockpit — веб-приложение для управления контейнеризованными биоинформатическими Snakemake-пайплайнами. Позволяет запускать анализ из браузера: выбрать пайплайн из каталога Harbor, указать входной образец .fastq.gz и получить клинический и QC-отчёты без работы в командной строке.
🖥 Варианты исполнения
Edge
Версия для запуска на программно-аппаратном комплексе OnSiteSeq Edge. Интерфейс адаптирован для работы на сенсорном экране. Пайплайны распространяются в виде arm64 Docker-контейнеров через реестр harbor.onsiteseq.io.
| Параметр | Значение |
|---|---|
| Архитектура | arm64 |
| Целевое устройство | Nvidia Jetson AGX |
| Контейнеры | arm64 Docker-образы |
Desktop
Версия для запуска на рабочем компьютере исследователя или лаборатории. Работает автономно или в паре с OnSiteSeq Edge. Пайплайны распространяются в виде x86 Docker-контейнеров.
| Параметр | Значение |
|---|---|
| Архитектура | x86 |
| Целевое устройство | Рабочий компьютер |
| Контейнеры | x86 Docker-образы |
Cloud
Версия, адаптированная для запуска в облачных провайдерах. Доступна по адресу cloud.onsiteseq.io. Пайплайны распространяются в виде x86 Docker-контейнеров.
| Параметр | Значение |
|---|---|
| Архитектура | x86 |
| Адрес | cloud.onsiteseq.io |
| Контейнеры | x86 Docker-образы |
⚙️ Технологический стек
| Слой | Технология |
|---|---|
| Frontend | Vue 3 + Vite + Pinia + Axios |
| Backend | Python 3.12 + FastAPI + SQLAlchemy async |
| БД | PostgreSQL 16 (asyncpg драйвер) |
| Миграции | Alembic (async) |
| Реестр образов | Harbor Registry (harbor.onsiteseq.io) |
| Оркестрация | Docker Compose v2 |
| Веб-сервер фронтенда | Nginx (статика из Vite build) |
📸 Скриншоты
Каталог пайплайнов
Карточки доступных пайплайнов с тегами, статусом совместимости (Edge / Cockpit / Cloud) и кнопкой запуска. Синхронизация каталога с harbor.onsiteseq.io в один клик.
Запуск анализа
Выбор пайплайна, названия запуска и входного образца .fastq.gz. Файлы обнаруживаются автоматически из папки данных.
Результаты: отчёт с интерпретацией (RUO) и QC-отчёт
После завершения анализа Cockpit отображает прогресс выполнения шагов Snakemake и список готовых отчётов: отчёт с интерпретацией (RUO) и QC-отчёт (для биоинформатика).
🔗 Связанные компоненты
- OnSiteSeq Harbor — реестр Docker-образов пайплайнов
- OnSiteSeq Edge — программно-аппаратный комплекс
- OnSiteSeq TUB — пайплайн для туберкулёза
- OnSiteSeq HIV — пайплайн для ВИЧ-1
AI medtech платформа для управления контейнеризованными биоинформатическими пайплайнами.
Edge-платформа. Рабочее место. Облачные вычисления.
Свидетельство о государственной регистрации программы для ЭВМ № 2026680748.
Проект начат в МФТИ, продолжен в аспирантуре РНИМУ им. Н.И. Пирогова.
Получение разрешений и валидация в процессе. Текущий статус — RUO. Только для научных исследований. Не для диагностики.
Проект — участник топ-1000 университетских стартапов и Акселерационной программы «Будущее медицины».