Серая гниль — Botrytis cinerea
Метагеномная диагностика серой гнили винограда, земляники и овощей с комплексным профилем мультирезистентности
🧬 Описание пейплайна
Botrytis cinerea — возбудитель серой гнили, поражающий более 200 видов растений и главный патоген винограда и земляники при выращивании и хранении. FRAC относит B. cinerea к патогенам высшего риска резистентности: мультирезистентность — одновременная устойчивость к нескольким классам фунгицидам — является нормой для полевых популяций, а не исключением.
Наш пайплайн выполняет метагеномное нанопоровое секвенирование (mNGS) поражённых ягод и растительной ткани. За несколько часов агроном получает подтверждение вида возбудителя и развёрнутый профиль устойчивости к фунгицидам, включающий как мутации в генах-мишенях, так и активацию систем эффлюкса (BcMrr1), обеспечивающих мультирезистентность. Без такого профиля подбор работающей схемы защиты от серой гнили превращается в перебор препаратов.
- 📥 На входе: Сырые данные в формате
FASTQпосле High Accuracy basecalling (Dorado SUP, химия R10.4.1). Материал: гомогенат ягод винограда/земляники, поражённая ткань овощей. - 📤 На выходе: HTML-отчёт для агронома — выявленный патоген, количественная представленность, профиль резистентности к фунгицидам и рекомендации по обработке.
📊 Доступность продукта
| Платформа | Статус доступности |
|---|---|
| OnSiteSeq Cockpit Edge | 🟡 В разработке |
| OnSiteSeq Cockpit Desktop | 🟡 В разработке |
| OnSiteSeq Cockpit Cloud | 🔴 Не доступно |
🎯 Маркеры устойчивости к фунгицидам
| Ген | Мутации | Фунгицид (класс) |
|---|---|---|
| BcCYP51 | Множественные мутации + тандемные повторы в промоторе | Азолы / DMI (тебуконазол) |
| BcMrr1 | Активирующие мутации (эффлюкс) | Мультирезистентность, включая SDHI |
| BcSdhB/C/D | H272R, P225L | SDHI (боскалид) |
| β-тубулин | E198A, F200Y | Бензимидазолы (карбендазим, беномил) |
| Cytb (цитохром b) | G143A | Стробилурины / QoI (азоксистробин) |
🌍 Глобальный контекст
- Широчайший круг хозяев — более 200 видов растений, от винограда и земляники до томатов и декоративных культур.
- Высший риск резистентности — FRAC классифицирует B. cinerea как патоген высшего риска; штаммы с устойчивостью к 5 и более классам фунгицидов известны давно.
- Потери при хранении — серая гниль остаётся главной причиной потерь винограда и ягод после сбора урожая.
- Эффлюкс-мультирезистентность — активация транспортёра BcMrr1 обеспечивает устойчивость сразу к нескольким классам препаратов, что не предсказать по одному гену-мишени.