Африканская чума свиней — ASFV
Point-of-care детекция у ворот фермы: генотипирование, низковирулентные делеционные варианты, отличие от классической чумы
🧬 Описание пейплайна
Вирус африканской чумы свиней (ASFV) — крупный оболочечный ДНК-вирус семейства Asfarviridae (геном 170–190 т.п.н.), вызывающий острую геморрагическую лихорадку домашних свиней с летальностью до 100%. Для человека не опасен, но экономически это самый разрушительный ветеринарный патоген десятилетия: эпизоотия 2018–2019 гг. в Китае уничтожила порядка 40% поголовья крупнейшего свиноводческого сектора мира. Широкодоступной вакцины нет — вся защита строится на ранней детекции и биобезопасности фермы.
Наш пайплайн выполняет нанопоровое секвенирование прямо на ферме или в ветеринарной лаборатории: подтверждение ДНК ASFV, генотипирование по гену p72 (B646L) и — критично для современной эпизоотической ситуации — детекция низковирулентных делеционных вариантов (ΔCD2v, ΔMGF360/505), которые с 2020–2021 гг. распространились в Китае и маскируются под хронические инфекции, «обманывая» привычные подходы к мониторингу.
- 📥 На входе: Сырые данные в формате
FASTQпосле High Accuracy basecalling (Dorado SUP, химия R10.4.1). Материал: EDTA-кровь, селезёнка, лимфоузлы, миндалины; смывы с оборудования, корм, вода поения. - 📤 На выходе: HTML-отчёт для ветеринарного врача — детекция ДНК ASFV, генотип по p72, статус делеций CD2v/MGF/I177L, дифференциация от классической чумы свиней (КЧС).
📊 Доступность продукта
| Платформа | Статус доступности |
|---|---|
| OnSiteSeq Cockpit Edge | 🟡 В разработке |
| OnSiteSeq Cockpit Desktop | 🟡 В разработке |
| OnSiteSeq Cockpit Cloud | 🔴 Не доступно |
🎯 Ключевые маркеры
| Маркер | Значение |
|---|---|
| B646L (p72) | Основной капсидный белок — генотипирование ASFV (известно 24 генотипа; в Евразии циркулирует генотип II) |
| E402R (CD2v) | Делеция → нарушение гемадсорбции; маркер низковирулентных «вакциноподобных» вариантов (Китай, 2020–2021) |
| MGF360 / MGF505 | Делеции мультисемейных генов → аттенуация, хроническое течение, ускользание от мониторинга |
| I177L | Делеция в вакцинном штамме ASFV-G-ΔI177L — маркер вакциноподобного происхождения изолята |
| CSFV (E2, 5’UTR) | Дифференциальная диагностика с классической чумой свиней — клинически неразличимы на ранних стадиях |
🌍 Глобальный контекст
- Китай, 2018–2019 — эпизоотия уничтожила ~40% поголовья (более 100 млн голов) в стране, производившей около половины мировой свинины; крупнейшая животноводческая катастрофа в истории. Вирус продолжает циркулировать в регионе.
- Низковирулентные варианты (2020–2021) — изоляты с делециями CD2v/MGF вызывают хроническое малосимптомное течение; часть связана с применением нелицензированных «вакцинных» штаммов. Их детекция требует геномных методов, а не только ПЦР на один локус.
- Вакцины — во Вьетнаме лицензированы живые аттенуированные вакцины (2022–2023) с ограниченным применением; глобально доступной вакцины нет, поэтому ранняя детекция и карантин остаются основой контроля.
- Россия — регулярные вспышки в личных подворьях и на промышленных комплексах; ведомственный надзор Россельхознадзора и ФГБУ «АРРИАХ».