Ранний ожог (альтернариоз) — Alternaria solani
Метагеномная диагностика раннего ожога картофеля и томата с мониторингом быстро эволюционирующей резистентности к фунгицидам
🧬 Описание пейплайна
Alternaria solani — возбудитель раннего ожога (альтернариоза) картофеля и томата. Патоген поражает листья, стебли и клубни, формируя характерные концентрические пятна, и ежегодно снижает урожайность паслёновых культур. A. solani — классический пример быстрой эволюции фунгицидной резистентности: устойчивость к стробилуринам (QoI) распространилась в популяциях в течение всего нескольких лет после введения этого класса препаратов в 2000-х годах.
Наш пайплайн выполняет метагеномное нанопоровое секвенирование (mNGS) поражённой листовой ткани и клубней. За несколько часов агроном получает подтверждение вида возбудителя и профиль устойчивости к фунгицидам — что особенно важно для альтернариоза, где применение стробилуринов против резистентной популяции бесполезно и только ускоряет селекцию устойчивых генотипов.
- 📥 На входе: Сырые данные в формате
FASTQпосле High Accuracy basecalling (Dorado SUP, химия R10.4.1). Материал: гомогенат листа/клубня картофеля, лист и плоды томата. - 📤 На выходе: HTML-отчёт для агронома — выявленный патоген, количественная представленность, профиль резистентности к фунгицидам и рекомендации по обработке.
📊 Доступность продукта
| Платформа | Статус доступности |
|---|---|
| OnSiteSeq Cockpit Edge | 🟡 В разработке |
| OnSiteSeq Cockpit Desktop | 🟡 В разработке |
| OnSiteSeq Cockpit Cloud | 🔴 Не доступно |
🎯 Маркеры устойчивости к фунгицидам
| Ген | Мутации | Фунгицид (класс) |
|---|---|---|
| Cytb (цитохром b) | F129L | Стробилурины / QoI (азоксистробин, пираклостробин) |
| SdhB | H278R, H278Y | SDHI (боскалид, флуксапироксад) |
| SdhC | H134R | SDHI (боскалид, флуксапироксад) |
| SdhD | D123E | SDHI (боскалид, флуксапироксад) |
🌍 Глобальный контекст
- Скорость эволюции — мутация F129L в цитохроме b распространилась в популяциях A. solani в течение нескольких лет после введения QoI-фунгицидов в 2000-х.
- Двойная угроза — вслед за стробилуринами под давлением отбора формируется устойчивость к SDHI-фунгицидам (боскалид, флуксапироксад).
- Хозяева — картофель и томат, ключевые продовольственные культуры; ранний ожог ежегодно регистрируется во всех регионах возделывания.
- Антирезистентная стратегия — мониторинг маркеров резистентности позволяет чередовать классы фунгицидов и сохранять эффективность препаратов.